Le conseil d'administration comprend, outre son président, dix-sept membres :

• sept représentants de l’Etat :

- deux représentants du ministre chargé de l'économie,
- deux représentants du ministre chargé de l'aménagement du  territoire,
- un représentant du ministre des affaires étrangères,
- un représentant du ministre chargé de l'emploi,
- un représentant du ministre chargé de la technologie
- quatre représentants de collectivités territoriales

• quatre personnalités choisies en raison de leur compétence dans le domaine d’activité de l’établissement, notamment dans leur connaissance des entreprises

• deux représentants élus du personnel de l’agence

Les membres du conseil d'administration, autres que le président et les représentants du personnel, sont nommés par décret.
Le mandat des membres du conseil d'administration est de trois ans renouvelable.

17 membres au Conseil d’administration de l’AFII, nommés par décret pour 3 ans

Toutefois, pour les personnalités qualifiées, il n'est renouvelable qu'une fois. En cas de vacance survenant pour quelque cause que ce soit avant l'expiration du mandat d'un membre titulaire ou suppléant, il est procédé à son remplacement pour la période restant à courir de ce mandat.
Les membres du conseil d'administration exercent leur fonction à titre gratuit. Ils bénéficient pour leur participation aux séances du conseil du remboursement de leurs frais dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour des séances.
Il élit en son sein pour trois ans un vice-président qui préside les séances du conseil en l'absence du président.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence. Ses délibérations portent notamment sur les orientations stratégiques de l'agence, son organisation et le fonctionnement de ses services, l'état annuel des prévisions de recettes et de dépenses et ses modifications éventuelles, le compte financier et le rapport annuel d'activité.